航空公司的自由行有比較便宜嗎

9月份要去東京.名古屋....目前報價是國泰2天1夜最便宜12400(新宿王子)續住是2100
若是分開訂機票要11000以上,住一晚約1600...(因同行朋友的關係,不考慮民宿)
這樣看來,是自由行便宜
可是又有人說,分開訂會比較便宜...
各位水水,能給我建議嗎,謝謝