一. 病毒性人畜共通傳染病
狂犬病
猿猴B病毒症
黃熱病
日本腦炎
壁虱性腦炎
腎症候性出血熱
豬水泡病
新城病
亨得拉病毒症
立百病毒症
家禽流行性感冒
淋巴球性脈絡叢腦膜炎
馬堡病毒疾病
伊波拉病毒感染
流行感冒
節肢動物攜帶性病毒感染
漢他病毒感染
靈長類痘病毒
Orf病(接觸傳染性膿瘡和接觸性膿皰性皮膚炎)
痲疹
A型肝炎
B、C、D與E型肝炎
猿猴免疫缺陷病毒感染
二. 立克次體及披衣菌之人畜共通傳染病
鼠性斑疹傷寒
叢林性斑疹傷寒
鸚鵡病
Q型熱
貓抓熱
其他立克次體(尤艾利希病)
三. 細菌性人畜共通傳染病
結核病
布氏桿菌症
沙氏桿菌症
炭疽
志賀桿菌症
彎曲菌症
鉤端螺旋體症
巴氏桿菌症
李斯特菌症
弧菌症
馬鼻疽
鼠疫
土拉倫斯病
萊姆病
皮膚真菌症
四. 寄生蟲性人畜共通傳染病
原蟲
弓蟲症
阿米巴赤痢
大腸纖毛蟲症
錐蟲症
隱胞子蟲病
梨形蟲病
寄生蟲
中華肝吸蟲症
日本住血吸蟲症
有鉤條蟲症
廣節裂頭條蟲症
犬蛔蟲症
疥癬蟲症